Цианат натрия применяется в органическом синтезе, при тепловой обработке стали и как промежуточный продукт в производстве лекарственных препаратов.

Он является умеренно токсичным, и работающие с ним должны быть защищены от вдыхания пыли и попадания вещества на неповрежденную кожу.