Все лица, использующие пероксид бензоила, должны тщательно изучить его свойства и освоить безопасные методы работы с композициями или составами, содержащими это вещество. Необходимо хранить пероксид бензоила в промышленной упаковке в холодном, хорошо вентилируемом помещении отдельно от других горючих и реакционноспособных материалов. Он должен быть защищен от открытого пламени, статического электричества, искр или таких источников тепла, как паропроводы, радиаторы парового отопления или прямой солнечный свет. Сухой пероксид бензоила необходимо предохранять от ударов и трения. Из хранилища не следует брать вещества больше, чем нужно для работы в течение смены. 

Особенно тщательные меры предосторожности должны приниматься во избежание смешивания или загрязнения пероксида бензоила ускорителями, промоторами или восстановителями. Его ни в коем случае не следует добавлять в нагретые растворители, мономеры и реакторы. Влажные или разбавленные составы не разрешается концентрировать или высушивать. Пролитое или просыпанное вещество надо немедленно убирать с помощью неискрящего инструмента и с применением влажного инертного разбавителя, например вермикулита или при необходимости песка.

Отходы, содержащие бензоилпероксид, можно медленно добавить в десятикратное по весу количество 10%-ного раствора гидроксида натрия в воде и энергично перемешивать до разложения. При 20°С это может занять 3 ч. Малые количества отходов можно сжечь в открытой мусорной печи или траншее, используя для поджигания длинный шест с крючком. Неоткрывающиеся контейнеры, состояние которых и срок хранения неизвестны, не следует вскрывать. Их необходимо разбить и сжечь на безопасном расстоянии. Пустые контейнеры из-под пероксида бензоила должны уничтожаться.

Лица, работающие с пероксидом бензоила, должны использовать защитные очки или маски для лица, перчатки, фартуки и другую спецодежду для предохранения от его попадания на кожу и в особенности от ожогов в случае вспышки пероксида бензоила. Не следует применять электризующиеся одежду или оборудование.

Склады и рабочие помещения оборудуют противопожарной системой. В случае пожара вода подается через разбрызгиватели противопожарной системы или брандспойты с безопасного расстояния. Желательно использовать разбрызгивающую насадку. Нельзя применять переносные огнетушители. При угрозе пожара необходимо с безопасного расстояния смочить пероксид бензоила водой для охлаждения.

Меры первой помощи. После работы, а в случае раздражения немедленно, нужно смыть пероксид бензоила с кожи.

При попадании в глаза их следует промыть большим количеством воды и обратиться за медицинской помощью. Лица с повышенной чувствительностью должны избегать контактов с пероксидом бензоила.