В настоящее время нет сообщений, в которых рутений рассматривался бы как опасный материал.

Тетраоксид рутения летуч и раздражает дыхательные пути.
 

Некоторые рутениевые комплексы, применяемые в гальваностегии, могут раздражать слизистую оболочку глаз и кожу, но сведения об этом отсутствуют.
 

Радиоизотопы рутения, главным образом ¹⁰³Ru и ¹⁰⁶Ru, получаются как продукты деления в ядерных реакторах. Так как рутений может превращаться в летучие комплексы (образует многочисленные азотсодержащие комплексы, как это было отмечено выше), имеются опасения в отношении проникновения его в окружающую среду. Потенциальная радиационная опасность, которую представляют радиоактивные изотопы рутения, изучена недостаточно.