Высший орган Совета Экономической Взаимопомощи - Сессия Совета, в работе которой принимают участие делегации всех стран-членов, обычно возглавляемые главами правительств. Сессия Совета полномочна обсуждать все вопросы, входящие в компетенцию СЭВ.

Главный исполнительный орган Совета Экономической Взаимопомощи - Исполнительный комитет Совета, в котором все страны - члены представлены на уровне заместителей глав правительств.

Исполнительный комитет Совета руководит всей совокупностью работ, связанных с реализацией задач, поставленных Сессией Совета, в частности, он осуществляет систематическое наблюдение за выполнением странами-членами СЭВ обязательств, вытекающих из принятых ими рекомендаций органов СЭВ.

В рамках Совета Экономической Взаимопомощи образованы четыре комитета: по сотрудничеству в области плановой деятельности; по научно-техническому сотрудничеству; по сотрудничеству в области материально-технического снабжения и по сотрудничеству в области машиностроения.

В рамках Совета Экономической Взаимопомощи также функционируют:
 

а) постоянные комиссии, созданные в целях содействия дальнейшему развитию экономических связей между странами-членами Совета и организации их многостороннего сотрудничества в отдельных областях народного хозяйства, например строительстве, химической промышленности, черной металлургии, стандартизации и т.д.;
 
б) совещания представителей (руководителей) компетентных органов стран-членов СЭВ, например Совещание руководителей государственных органов по труду.

Секретариат Совета Экономической Взаимопомощи представляет собой исполнительно-административный орган и действует в соответствии с Уставом СЭВ.